Guia de configuração do ambiente FHIR

Sei que pessoas completamente novas no VS Code, Git, Docker, FHIR e outras ferramentas podem, às vezes, ter dificuldades com a configuração do ambiente. Por isso, decidi escrever um artigo que percorre todo o processo de configuração passo a passo para facilitar o início.

Eu realmente agradeceria se você pudesse deixar um comentário no final – me diga se as instruções foram claras, se algo ficou faltando ou se há mais alguma coisa que você acharia útil.

A configuração inclui:

✅ VS Code – Editor de código
✅ Git – Sistema de controle de versão
✅ Docker – Executa uma instância do IRIS for Health Community
✅ Extensão REST Client do VS Code – Para executar consultas à API FHIR
✅ Python – Para escrever scripts baseados em FHIR
✅ Jupyter Notebooks –Para tarefas de IA e FHIR

Antes de começar: Certifique-se de ter privilégios de administrador no seu sistema.

Além de ler o guia, você também pode seguir os passos nos vídeos:

Para Windows

Para macOS

Há uma enquete no final do artigo, por favor, compartilhe seu progresso. Seu feedback é muito apreciado.

Então, vamos começar!

1. Instalar o Visual Studio Code (VS Code)

O VS Code será o editor principal para o desenvolvimento.

Windows & macOS

1. Acesse a página de download do VS Code: https://code.visualstudio.com/
2. Baixe o instalador para o seu sistema operacional:
   • Windows: arquivo .exe 
   • macOS:  arquivo .dmg 
3. Execute o instalador e siga as instruções.
4. (Apenas Windows): Durante a instalação, marque a caixa para "Adicionar ao PATH".
5. Verificar a instalação:

• Abra um terminal (Prompt de Comando, PowerShell ou Terminal do macOS)
• Execute:

code --version

• Você deverá ver o número da versão.

2. Instalar o Git

O Git é necessário para controle de versão, clonagem e gerenciamento de repositórios de código.

Windows

1. Baixe a versão mais recente em: https://git-scm.com/downloads
2. Execute o instalador:
   • Escolha "Use Git from the Windows Command Prompt".
   • Mantenha as configurações padrão e finalize a instalação.
3. Verifique a instalação:

git --version

macOS

1. Abra o terminal e execute:

git --version

Se o Git não estiver instalado, o macOS solicitará que você instale as Ferramentas de Linha de Comando. Siga as instruções.

3. Instalar o Docker

O Docker é necessário para executar o InterSystems IRIS for Health Community.

Windows

1.    Baixe o Docker Desktop em: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Execute o instalador e siga a configuração.
3.    Reinicie seu computador após a instalação.
4.    Habilite o Backend WSL 2 (se solicitado).
5.    Verifique a instalação.

Observação importante: A instalação do Docker requer privilégios de administrador na sua máquina e pelo menos uma reinicialização.

macOS

1.    Baixe o Docker Desktop para Mac em: https://www.docker.com/products/docker-desktop
2.    Instale-o arrastando o aplicativo Docker para a pasta Aplicativos.
3.    Abra o Docker no menu Aplicativos.

Para garantir que o motor do Docker Desktop esteja rodando no Windows ou macOS, siga estes passos:

Inicie o Docker Desktop

Windows: Abra o Docker Desktop no menu Iniciar. O ícone da baleia do Docker deve aparecer na sua bandeja do sistema.

Mac: Inicie o Docker Desktop na pasta Aplicativos. Você verá o ícone da baleia do Docker na barra de menus assim que estiver em execução.

Aguarde a Inicialização

Assim que você iniciar o Docker Desktop, o motor pode levar alguns instantes para começar. Procure por uma mensagem de status indicando que o Docker está "em execução" ou "iniciado".

Verifique via Terminal/Prompt de Comando::

Abra um terminal (ou Prompt de Comando/PowerShell no Windows) e execute:

docker --version

ou

docker info

Solução de problemas

Se o motor não estiver rodando, tente reiniciar o Docker Desktop ou verifique se há mensagens de erro na interface do Docker Desktop. Além disso, certifique-se de que seu sistema atende aos requisitos do Docker Desktop. Você pode ver mensagens de erro confusas que referenciam pipes se tentar construir uma imagem Docker sem o Docker Desktop em execução.

4. Construindo a imagem do IRIS for Health e executando-a usando o Docker

Antes de podermos iniciar um contêiner Docker executando o IRIS for Health Community (que inclui nosso servidor FHIR), devemos construí-lo.

1. Clone o repositório FHIR para um diretório conveniente no seu sistema de arquivos. Abra um terminal no VS Code e clone este repositório com o seguinte comando:

   git clone https://github.com/pjamiesointersystems/Dockerfhir.git

    

2. Navegue até esse diretório e abra a pasta no VS Code. Siga as instruções no arquivo readme para construir e executar o contêiner. Uma etapa crucial é garantir que o repositório base esteja disponível no seu Docker. Você pode fazer isso através do comando no terminal do VS Code:
   

   docker pull containers.intersystems.com/intersystems/irishealth-community:latest-em

   Você deverá ver uma confirmação após alguns minutos.

3. Navegue até o diretório no VS Code onde você vê o arquivo docker-compose.yaml e então execute o comando:
   

   docker-compose build 

   Isso iniciará o processo de construção, que pode levar até 10 minutos, durante os quais um repositório FHIR completo é construído e carregado com pacientes de amostra.

4. Após a conclusão do processo de construção, inicie o contêiner com o comando:
   

   docker-compose up -d

   seguido por

   docker ps

   Você deverá ver um contêiner chamado iris-fhir em execução. Se o contêiner não iniciar, verifique os logs:

   docker logs iris-fhir

    

5. Instalar a Extensão REST Client do VS Code

Esta extensão permite que você envie requisições à API FHIR diretamente do VS Code.

1. Abra o VS Code
2. Vá para Extensões (Ctrl + Shift + X ou Cmd + Shift + X no macOS).
3. Procure por "REST Client". Existem diversos REST Clients, por favor, instale este:
4. Clique em Install.

6. Instalar o Python

O Python é necessário para tarefas de programação relacionadas ao FHIR.

Windows

1.    Baixe o Python em: https://www.python.org/downloads/
2.    Execute o instalador e marque a caixa para "Add Python to PATH". Você precisará de credenciais de administrador para fazer modificações no Path.
3.    Conclua a instalação.
4.    Verifique a instalação:

python --version

macOS

1. Abra o Terminal e instale o Python via Homebrew:

   Brew install python

   Se você não tiver o Homebrew, instale-o primeiro

   /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

    

2. Verifique a instalação:

python3 --version

7. Instalar o Jupyter Notebooks

Os Jupyter Notebooks são usados para tarefas de IA e FHIR, e tarefas de FHIR SQL.

Windows & macOS

1. Abra um terminal (Prompt de Comando, PowerShell ou Terminal do macOS).
2. Instale o Jupyter usando o pip:
   

   pip install jupyter
   jupyter --version

    

3. Execute o Jupyter Notebook:

jupyter notebook

Isso abrirá o Jupyter no seu navegador da web.

8.  Validação

Execute seu contêiner navegando até o seu arquivo docker-compose no shell. Execute o comando:

docker compose up -d
docker ps

Acesse o Portal de Gerenciamento do IRIS:

• Abra seu navegador e vá para:: http://localhost:8080/csp/sys/UtilHome.csp
• Credenciais padrão:

Usuário: _SYSTEM
Senha: ISCDEMO

Acesse a API FHIR:

• Abra seu navegador e vá para: http://localhost:8080/csp/healthshare/demo/fhir/r4/metadata

Verificações Finais

Execute estes comandos para verificar todas as instalações:

code --version       # VS Code
git --version        # Git
docker --version     # Docker
python --version     # Python
jupyter --version    # Jupyter

Se tudo funcionar, você instalou com sucesso todos os softwares acima.

Solução de problemas

Obrigado pelo seu tempo. Aguardo ansiosamente a leitura dos seus comentários!